Bakteryjna postać zapalenia gruczołu krokowego występuje w wyniku zakażenia gruczołu krokowego. Leczenie zależy od rodzaju zakażenia (patogenu), stosuje się różne leki i fizykoterapię. Leczenie tej formy zapalenia gruczołu krokowego zajmuje dużo czasu; w zależności od rodzaju może to zająć od 1 miesiąca do sześciu miesięcy.